現在ペプチドの分析においては逆相系カラムを用い、アセトニトリル／H2O　0.1% TFAによるグラジェントが一般的で最も多く利用されている方法です。しかし、この 系ですべてのペプチドが完全に分離できるとは限りません。一旦、TFA系で分離した フラクションについて、TFAの代わりにHFBA(heptafluorobutyricacid)を使うことに よってさらにペプチドの分離が良好に行える場合があります。
 

HFBAは塩基性アミノ酸側鎖とイオンペアを形成し、疎水性を上げることによって、逆相系で保持力を持たせ、良好な分離につながると推測されます。 従って、ペプチドに含まれる塩基性アミノ酸の残基数によって分離できることが期待されます。

・TFAバッファーだけで分離が困難なとき
・塩基性アミノ酸が多く含まれているとき
・ODS＋イオンペアー的な分離となる